מבקר המדינה, יוסף שפירא מותח ביקורת על התנהלות ועדת הבחירות בבחירות לכנסת ה-20, שהתקיימו במרץ 2015. מהדו"ח עולה שבשמם של 32 בוחרים שנפטרו נעשתה לכאורה הצבעה בבחירות. בנוסף, 5,359 בוחרים, שעל פי נתוני ביקורת הגבולות שהו מחוץ לגבולות ישראל ביום הבחירות, סומנו כמי שהצביעו בבחירות לכנסת ה-20.
עם זאת, שפירא מציין שוועדת הבחירות השקיעה מאמצים רבים על מנת למנוע עבירות הונאה וזיוף במהלך הבחירות ומאמציה ניכרו גם בטיפולה במקרים שבהם היה חשש לפגיעה בטוהר הבחירות. הוא גם מותח ביקורת על אופן גיוס העובדים לוועדת הבחירות."יש לתת את הדעת גם לתופעה של 'חבר מביא חבר', או להעדפת מקורבים. כמו כן, על ועדת הבחירות לתת הזדמנות שווה לכלל הציבור להשתתף במבצע יום הבחירות, תוך מתן דגש לצורך להרחיב את השתלבותם של בני המגזר הערבי", ממליץ עוד מבקר המדינה.
בעקבות הביקורת, שפירא סבור עוד שניתן לאחד קלפיות במתחם בהם הוצבה יותר מקלפי אחת: "מהבדיקה עלה שניתן היה לצמצם 1,021 (9.8%) קלפיות מבין 10,464 הקלפיות שהוצבו, בלי שמספר הבוחרים הרשומים בכל קלפי יעלה על הרף העליון שנקבע", הוא מציין, "צמצום כזה היה מאפשר לחסוך כ-8.6 מיליון שקל".