האם, בנוסף למחיר מדיני, פינוי חאן אל אחמר היה יכול להשפיע גם על המצב הביטחוני ביהודה ושומרון? על פי דיווח הערב (ראשון) בחדשות "כאן", ברשות הפלסטינית אותתה לישראל כי אם יתרחש פינוי אלים בכפר הבדואי שבמישור אדומים, הרשות עלולה לפגוע בתיאום הביטחונית. בנוסף לכך התייחס לנושא שר הביטחון אביגדור ליברמן, וטען כי סיבה נוספת לדחייה באה מהערכה של היועץ המשפטי שפינוי שלא בהסכמה עלול להוביל את ישראל לבעיות משפטיות במישור הבינלאומי, ואף לפגוע בהגנה שלה בבית הדין הבינלאומי בהאג.
בנאום שנשא שר הביטחון בכנס מכון ירושלים למחקרים אסטרטגיים שנערך במרכז מורשת בגין בירושלים, אמר ליברמן כי "ברגע שהקבינט אישר את פינוי חאן אל אחמר, התהליך הוא בלתי הפיך. אבל, יש עוד כמה נדבכים. אם רה"מ והיועץ המשפטי שבא ואומר 'בואו תנסו למצות עוד פעם אחת ניסיון למשא ומתן, פינוי מרצון, זה חשוב מבחינה משפטית. עוד ניסיון למצות משא ומתן', אני לא רואה בזה שום בעיה. ואני גם חושב שהחזית האחידה והאחדות היא חשובה מאוד".
ליברמן - היועמ"ש ביקש, משרד המשפטים - אין איסור משפטי
"אני חושב שלא צריך להיות כל הזמן לעומתי לראש הממשלה", המשיך השר, "ברגע שהצגת את העמדה העקרונית, בסופו של דבר רה"מ והקבינט מאשרים את זה. צריך גם לפעמים להתגמש, לא צריך להפוך כל דבר למאבק פנימי, למאבק בתוך המחנה ולהרוויח עוד כמה קולות. לכן, אני חושב שההחלטה הייתה נכונה לאור בקשתו של היועץ המשפטי לממשלה לנסות למצות עוד ניסיון לפינוי מרצון. אבל, ברגע שהקבינט קבע שחאן אל אחמר יפונה זה הליך שהוא בלתי הפיך".
בתגובה לדבריו הבהירו במשרד המשפטים כי ההחלטה על דחיית פינוי היישוב הייתה החלטה מדינית ולא אילוץ משפטי. בהודעת המשרד נאמר כי "היועץ המשפטי לממשלה לא הביע התנגדות לפינוי חאן אל אחמר. גורמים שונים במערכת הפוליטית טענו אמש כי ההחלטה לדחות את הפינוי נובעת מהזהרת התובעת בבית הדין הבינלאומי כי היא עוקבת אחרי פעולות ישראל במאחז הבדואי ושהריסתו עלולה להוות פשע מלחמה. אולם גורמים במשרד המשפטים מבהירים כי דחיית הפינוי נובעת מהחלטה מדינית בלבד והיועץ המשפטי לממשלה לא שינה את חוות דעתו המאפשרת את הפינוי, חרף איומי בית הדין בהאג".