שר הביטחון לשעבר משה בוגי יעלון שלח הערב (ראשון) מכתב ליועץ המשפטי לממשלה, ד"ר אביחי מנדלבליט, ובו שורה של שאלות קשות העולות בעקבות סיום חקירת המשטרה את פרשת 3000 והגשת המלצותיה לפרקליטות. "אני פונה אליך כמי שכיהן בתפקיד שר הביטחון בתקופה הרלוונטית, שמכיר את השתלשלות העניינים, ושנוכח כי חלק מהמהלכים בוצעו במכוון מאחורי גבה של מערכת הביטחון", כתב יעלון.
"אני פונה אליך כמי שמעריך את מקצועיותך כמשפטן, וכרמטכ"ל שמינה אותך לפרקליט הצבאי הראשי. אני פונה אליך משום שבמהלך חקירת פרשת רכש הצוללות וכלי השייט ממספנת "תיסנקרופ" הגרמנית, עלו שאלות רבות, שאינן נותנות לי מנוח, שאלות הקשורות בהתנהלות החקירה שהובלה על ידך". לטענת יעלון כל ניסיונותיו להביא בפני מנדלבליט במהלך החקירה את גרסתו המליאה לפרשה ואת השגותיו נתקלו באמירה שזה אסור והוא פנה על כן למסור עדות במשטרה.
"במאי 2017 הסתבר לי באקראי שאלוף (במיל.) עמוס גלעד לא זומן להעיד בפרשה, ולכן פניתי אליך בשאלה בנושא, והפנית אותי לחוקרים", כתב. "רק בעקבות פנייתי, זומן גלעד להעיד. הסתבר לי שנשיא המדינה שהיה מעורב אישית בניסיון לברר את הפרשה מול הקנצלרית, לא נדרש להעיד עד עצם היום הזה. מעורר תמיהה".
יעלון ציין כי הוא פונה למנדלבליט עם סיום חקירת המשטרה, לאחר שזה נמנע מלהתייחס פומבית לחלק מן השאלות, כדי שלא לחבל בחקירה. ואלה השאלות שמפנה יעלון למנדלבליט, כמי שהוביל והנחה את החקירה:
א. מדוע מהרת להתייחס לתחקיר העיתונאי מנובמבר 2016 באמירה "שאין חשד לפלילים בפרשה" (מה שהתברר כטעות, נוכח תוצאות החקירה)?
ב. מדוע היססת בפתיחה בחקירה מיד לאחר התחקיר ולאחר שפניתי אליך בנושא?
ג. מדוע הורית בסופו של דבר על ביצוע "בדיקה" ולא "חקירה", ורק בפברואר 2017 ה"בדיקה" הפכה ל"חקירה"?
ד. מדוע כיוונת את "הבדיקה" למשרד הביטחון, כולל הוצאת צו חיפוש במשרד היועמ"ש של משרד הביטחון?
ו. מדוע לא הוצאו מיד צווי חיפוש במשרד ראש הממשלה, במל"ל ובמשרד עורכי הדין שמרון ומלכו? (ככל הידוע לי לא בוצעו חיפושים במשרדים אלה עד היום).
ז. מדוע לא בוצעה חקירה של פרשת האישור שניתן לגרמניה, למכור הצוללות למצרים?
ח. מדוע הודעת שוב ושוב, ועוד טרם הפתיחה בחקירה, על כך שראש הממשלה אינו מעורב בפרשה, כאשר היו בידי החוקרים שני המסמכים המוכיחים את ההיפך?
ט. מדוע זומן ראש הממשלה להעיד "עדות פתוחה" בשלב כל כך מאוחר של החקירה, כאשר כבר בתחילתה היו ברשות החוקרים מסמכים המעידים על מעורבותו האישית, וחייבו "חקירה באזהרה"?
לדברי יעלון ייתכן והחקירה לא הביאה לממצאים העוברים את הרף הפלילי לגבי ראש הממשלה אך הוא מוסיף כי "לנוכח שאלותי, לא השתכנעתי שהיה מאמץ בכיוון זה".
לסיום הוא כותב כי "אינני חסיד וועדות חקירה ממלכתיות, אלא אם הגורם האחראי לא לוקח אחריות ומתפטר, או שהמערכת לא גורמת לו לשאת באחריות. ניראה לי שאנחנו, מתקרבים לצורך בזה". יעלון החליט, בגלל ההיבטים הציבוריים של הפרשה, לפרסם את המכתב ברשתות החברתיות ובתקשורת.
החקירה הסתיימה - לא כל האמת יצאה לאור. נמנעתי במהלך החקירה לשאול שאלות שעלולות היו לחבל בה. כעת הגיעה העת לשאול את מה שחובה לשאול. מצורפת פנייתי ליועץ המשפטי לממשלה. pic.twitter.com/1ClYVK3Gvv
— Moshe Bogie Ya'alon (@bogie_yaalon) November 11, 2018
בתגובה למכתבו של יעלון, אמר גורם המקורב ליועמ"ש: "אביחי מנדלבליט לא יכול באמת להשיב לציבור על השאלה מי אישר את מכירת הצוללות למצרים, כי מדובר במידע מסווג ביותר. התוקפים פומבית את מנדלבליט על העניין הזה, זוכים אוטומטית לניצחון טכני לא הגון".
בנוסף, גורם בבית הנשיא הבהיר כי בניגוד לתמיהת יעלון במכתבו למנדלבליט "אין שום צורך שהנשיא יעיד בפרשת הצוללות כיוון שכבר מסר בכתב את כל הידוע לו בפרשה".
מהמשטרה נמסר בתגובה: "בהמשך להודעת הדוברות שפורסמה עם סיום חקירת תיק 3000, נבקש להבהיר כי החקירה נוהלה באופן יסודי ומקצועי, מתוך מטרה אחת ויחידה של בירור האמת. הטענות לפיהן חקירת תיק 3000 הוגבלה או צומצמה ע"י מי מבכירי מערכת אכיפת החוק היא טענת כזב, חסרת כל בסיס עובדתי. במסגרת החקירה נגבו הודעותיהם של בכירי המדינה ומערכת הביטחון בעבר ובהווה, וכל טענה שעלתה ואשר הצדיקה העמקת הבירור - נבדקה לעומקה. אין כל שחר לטענות שמרמזות את ההפך".