היסטוריה של עליות ומורדות: ראש הממשלה בנימין נתניהו ויו"ר מועצת הריבונות של סודאן, עבד אלפתח אלברהאן, נפגשו היום (שני) באנטבה, אוגנדה, בהזמנת נשיא הרפובליקה של אוגנדה, יוורי קגוטה מוסווני. השניים הסכימו להתחיל שיתוף פעולה שיוביל לנורמליזציה של היחסים בין שתי המדינות. זוהי הזדמנות טובה להיזכר בהיסטורית היחסים בין המדינות.
במלחמת העצמאות תגברה סודאן את כוחותיהן של ירדן, סוריה ומצרים בלוחמה נגד ישראל, וחזרה על הפעולה גם כעבור 19 שנים, במלחמת ששת הימים. בתגובה, בתחילת שנות השבעים נחשף כי ישראל שלחה אנשי מוסד וקציני צה"ל על מנת לעזור לכוחות המורדים והבדלנים בדרום סודאן.
עם השנים התחממו היחסים, ובשנות השמונים סייעה סודאן ב"מבצע משה" להעלאתם של יהודי אתיופיה. מכיוון שבאותה תקופה לא כוננו יחסים דיפלומטיים בין ישראל ואתיופיה, נאלצו העולים לחצות ברגל את הגבול לסודאן, ומשם הוטסו ארצה.
בשנת 2016 דווח כי גורמים סודאניים דיברו בגלוי בפעם הראשונה על כינון יחסים עם ישראל, בפעם הראשונה בהיסטוריה של המדינה המוסלמית.
עם זאת, בשנה שעברה, כאשר נשאלה שרת החוץ הסודאנית, אסמה מוחמד עבדאללה, האם בכוונת המדינה לכונן יחסים דיפלומטיים עם ישראל, ענתה בקצרה: "לא עכשיו".