יו"ר האופוזיציה, חבר הכנסת יאיר לפיד, וסיעת יש עתיד-תל"ם, הניחו הבוקר (שלישי) על שולחן הכנסת הצעת חוק להקמת ועדת חקירה מיוחדת לרכש ספינות השיט והצוללות לחיל הים. ראש הממשלה החליפי ושר הביטחון, בני גנץ, התחייב בעבר להקמת ועדת כזאת, בטרם נכנס לממשלת האחדות.
כזכור, הפרקליטות הודיעה בחודש דצמבר על המלצתה להעמיד לדין בכפוף לשימוע מספר חשודים בתיק 3000. בן דודו של ראש בנימין נתניהו ופרקליטו לשעבר, דוד שמרון, יואשם בפרשה בהלבנת הון, מפקד חיל הים לשעבר, אליעזר (צ'ייני) מרום ונציג המספנה הגרמנית טיסנקרופ מיקי גנור, שוויתר על הסכם עד המדינה, יואשמו בשוחד בכפוף לשימוע. דוד שרן, ראש לשכתו לשעבר של נתניהו, יואשם גם הוא בשוחד, וכך גם השר וחבר הכנסת לשעבר אליעזר (מודי) זנדברג, שהיה יו"ר קרן היסוד.
הפרשה, שזכתה לכינוי 'תיק 3000', עלתה לכותרות בסוף 2016, כאשר היועץ המשפטי לממשלה, אביחי מנדלבליט, הודיע על פתיחת בדיקה בחשד לביצוע עבירות שוחד במהלך עסקאות לרכישת צוללות בין התאגיד הגרמני 'טיסנקרופ' למדינת ישראל. חקירת הפרשה התנהלה על ידי יחידת להב 433 של המשטרה, ובמסגרתה העיד בין השאר ראש הממשלה, בנימין נתניהו, ששמו נקשר כמעורב בפעולות הבלתי חוקיות, אך פרקליט המדינה, שי ניצן, הודיע כי הוא אינו בין החשודים. שר הביטחון לשעבר, ח"כ משה יעלון, ושר האוצר לשעבר, ח"כ יאיר לפיד, מסרו גם הם עדות בפרשה.
בחודש מרץ 2019, במהלך מערכת הבחירות הראשונה בשנה האחרונה, אמר גנץ במסיבת עיתונאים כי פרשת הצוללות היא "פרשת השחיתות החמורה ביותר בתולדות מדינת ישראל. ניצבים שלושה רמטכ"לים וחבר קבינט שהוסתר מהם שראש הממשלה מקבל כסף, 16 מיליון שקלים. 16 מיליון שקלים שהלכו לכיס של נתניהו מחברה שקשורה לעסקת הצוללות". לדבריו, זה אובדן אמון מוחלט ושבר לא ניתן לאיחוי: "השבוע נחשף שראש הממשלה אישר מאחורי גבה של מערכת הביטחון מכירת צוללות למצרים. זאת בלי שאף אחד במערכת הביטחון יידע על כך".