עימות נוסף בין ראש הממשלה, בנימין נתניהו, ושר הביטחון, בני גנץ: הבוקר (ראשון), עם תחילת ישיבת המנהל האזרחי שדנה באישור בנייה פלסטינית, יצרו גורמים מלשכת ראש הממשלה קשר ישיר עם נציגי המנהל האזרחי וביקשו לעצור את הדיון בעיצומו. גורמי הצבא פעלו בנוהל המקובל ועידכנו את לשכת שר הביטחון שהנחה אותם להמשיך בישיבה.
בעקבות ניסיון ההתערבות של ראש הממשלה מול גורמי צה״ל, בנושא שבסמכותו של שר הביטחון, גנץ הנחה את מערכת הביטחון והמנהל האזרחי להתנהל בצינורות המקובלים.
"לא אאפשר עקיפת סמכויות על ידי לשכת ראש הממשלה. פעילות הוועדה היא בסמכות שר הביטחון, יש נהלי עבודה, כינוס הישיבה הוחלט כבר בשבוע שעבר ואין כל צורך לפגוע בתהליך התקין במהלך מימושו. אם ראש הממשלה רוצה להעלות השגות - הוא יודע את המספר שלי", אמר גנץ.
ראש הממשלה, בנימין נתניהו, הגיב לדברי גנץ בישיבת הממשלה: "אנחנו מנהלים כרגע דיון עם משרד הביטחון על ההתיישבות הצעירה, מדובר בעניין הומניטרי, אנשים שאין להם חשמל ומים. אני מאוד מקווה שנוכל להגיע להסכמה ביממה או שתיים הקרובות, כי צריך לפתור את זה, אין לזה הצדקה וזה גורם לסבל מיותר".
ראש המועצה האזורית גוש עציון שלמה הגיב למחאת ילדי היישובים הצעירים של פורום "התיישבות הצעירה" ואמר כי "יצא המרצע מן השק. אחרי שכבר הכל מוכן וכולם מוכנים, אחרי שראש הממשלה מנסח הצעת החלטה לממשלה להסדרת ההתיישבות הצעירה והיועץ המשפטי לממשלה מאשר אותה, יש רק אדם אחד שלא מוכן להעלות אותה לסדר היום - זהו בני גנץ.
"בני גנץ, חשבנו שאתה שר הביטחון של כולם. הקול של הילדים אמנם הוא לא קול בקלפי, אבל גם לילדים יהודים, ילדי ההתיישבות החלוצית, יש קול, וקולם של הילדים יותר חזק מהעוול הנעשה להם בחסותך. תהיה בטוח שגם מעט הקולות שחשבת לקבל במחנה השמאל-מרכז, לא יבואו אליך כי גם לאנשים הללו יש עקרונות בסיסיים של שוויון וצדק שאתה מונע מאותם הילדים. אנחנו נמשיך בדרכינו, דרך הנצח ואתה תישאר אפיזודה חולפת וחסרת מנהיגות בתולדות התנועה הציונית".