שר הביטחון לשעבר, משה (בוגי) יעלון ניסה לשכנע את מבקר המדינה, יוסף שפירא, שלא ייקח חלק וימנע מכתיבת דוח מבצע "צוק איתן". ל"מעריב אונליין" נודע כי כאשר התברר ליעלון שמבקר המדינה צפוי לבדוק את מבצע "צוק איתן", הוא ביקש לפגוש את מבקר המדינה, יוסף שפירא, ולהסביר לו את הליך קבלת ההחלטות, מחשש שתוצאת דוח המבקר תהיה פוליטית.
בפגישה אמר יעלון למבקר כי אם הוא חושב שהצבא כשל, יש להקים ועדת חקירה ממלכתית: "בדיקה שלך תיכנס לתחום הפוליטי". מבקר המדינה לא קיבל את עמדתו של יעלון וכאמור פתח בבדיקה. גרסת יעלון לדוח הצפוי מפרטת את הליך קבלת ההחלטות במערכת הביטחון בהכנות לקראת צוק איתן. לטענתו, טורפדה על ידי גורמים פוליטיים בתוך הקבינט. האצבע המאשימה מופנית כלפי שר הביטחון ליברמן, שדרש את כיבוש הרצועה, אך לא נכח בדיונים על המנהרות, ומאשים את נפתלי בנט כמי שחתר תחת ראש הממשלה ושר הביטחון, וקיבל אינפורמציה מקצינים חובשי כיפה בחטיבת גבעתי.
בנט הגיע לקבינט והציע הצעות שהיו חלק מההוראות האופרטיביות של הרמטכ"ל בשטח. יעלון מותח ביקורת חריפה, שבדק את ההתנהלות של מערכת הביטחון מבלי להשתמש במבקרים בעלי ניסיון פיקודי, למרות שבצוות הביקורת עומד גם תת אלוף במילואים, אולם לא כזה שהיה מפקד, והמבקר נגרר בדוח אחר אמירות פוליטיות ומתעלם מהעובדה שבדיונים נושא המנהרות עלה לא אחת, כפי שהציג בזמנו ראש הממשלה נתניהו בשיחות סגורות.
יעלון טען לאורך כל הדרך, כי כל שרי הקבינט התעלמו מהרצון להשכיל בנושא הביטחוני, לא טרחו לבקש מהמזכיר הצבאי של הממשלה חומרים מסווגים בנושא, לא הגיעו לימי עיון שצה"ל ערך לחברי הקבינט, חלקם הגדול התעלם לחלוטין מיום עיון שנערך באמ"ן (אגף המודיעין של צה"ל - נ.א). ולאחר שראו שאין היענות, בוטלו ימי עיון בחיל האוויר, חיל הים, וחילות נוספות.
לגרסת יעלון, צה"ל כן התכונן בפועל לכיבוש הרצועה, ואף שלושה חודשים לפני המבצע, כבר החלו ההכנות למהלך קרקעי. היחידים שלא היו מוכנים למהלך הם חטיבת גולני, כיוון שהם נכנסו אחרונים. לצד זה, דוחה יעלון את מסקנות מבקר המדינה וטוען כי הדוח לא היה צריך להיכתב אצל מבקר המדינה.