....I asked John for his resignation, which was given to me this morning. I thank John very much for his service. I will be naming a new National Security Advisor next week.
— Donald J. Trump (@realDonaldTrump) September 10, 2019
בולטון, שנכנס לתפקידו באפריל אשתקד, היה היועץ השלישי לביטחון לאומי תחת טראמפ אחרי מייקל פלין שפוטר אחרי פחות מחודש לאחר ששיקר על פגישותיו עם השגריר הרוסי בוושינגטון וה"ר מקמאסטר שלא פעם הביע עמדות מנוגדות להצהרותיו של טראמפ בסוגיות חוץ וביטחון. בתקשורת האמריקאית פורסם בחודשים האחרונים שטראמפ הביע אי שביעות רצון מעמדותיו של בולטון, שלטענתו של הנשיא היה מוכן גם לערב את ארה"ב במלחמה חדשה.
בולטון אף תמך בפעולת תגמול צבאית נגד איראן לאחר הפלת הכטב"מ במפרץ הפרסי, אולם טראמפ ביטל אותה ברגע האחרון. ההדחה הגיעה על רקע הניסיונות של טראמפ לקדם הידברות עם איראן וקוריאה הצפונית, שתי מדינות שבולטון הביע במשך שנים תמיכה בתקיפות צבאיות נגדן. שעות ספורות לפני שנודע על הפיטורים, הכריזה קוריאה הצפונית, שבמאי האחרון כינתה את בולטון "פגם אנושי", כי היא מוכנה לחדש את המשא ומתן עם ארה"ב בהמשך החודש.
רשת CNN ציטטה גורמים שסיפרו שההדחה הגיעה אחרי שטראמפ ובולטון ניהלו ויכוח סוער ביום שני בערב סביב תוכניתו של הנשיא לארח את בכירי הטאליבן בקמפ דיוויד, הזמנה שבוטלה בסופו של דבר. בולטון לא הסתיר את התנגדותו לרצונו של הנשיא לארח את נציגי ארגון הטרור באתר הרשמי.