הסוכנות היהודית ברוסיה אימצה לעצמה את חוקי חסיון המידע הרוסים, ולפיכך, מאז ה-14 בספטמבר, הפסיקה לשתף את המידע של מבקשי העלייה עם משרדה הישראלי, זאת לאחר הוראת משרד המשפטים הרוסי. לאחר שהדיון על סגירת המשרד הרוסי של הסוכנות נדחה, היום (שני) הוא צפוי להתחדש מחדש.
נודע לתקשורת כי משרדי הסוכנות היהודית ברוסיה נמצאים בעיצומו של הקמת מוקד טלפוני מקומי שייתן שירות למתעניינים בעלייה, זאת במקום השירות שניתן על ידי "המרכז הגלובלי" של הסוכנות בירושלים. בנוסף, הפקידה הסוכנות כ-40 מעובדיה המקומיים, המסייעים בעיקר לתהליך העלייה מערים בפריפריה של רוסיה, לחופשה בתשלום. הסוכנות אישרה את המידע ביום שני ואמרה כי מדובר ב"תהליך של ארגון מחדש".
ביולי האחרון נחשף כי משרד המשפטים הרוסי ביקש לסיים את פעילות הסוכנות היהודית ברוסיה. הרשויות ברוסיה חוקרות את הסוכנות בשנים האחרונות, זאת בטענה שהיא מפרה חוקי חיסיון מידע בכך שהיא משתפת מידע של אזרחים רוסים עם מדינות אחרות או גופים הקשורים למדינות זרות.
לפי מידע שהגיע לתקשורת, יש כ-40 אלף מועמדים שקיבלו אישור לעלות לארץ. במהלך החודשים האחרונים הגיעו לישראל מדי חודש כ-2,000 עולים מרוסיה ובלארוס.
כבר התקיימו שני דיונים בבית המשפט במוסקבה בנוגע למעמדה של הסוכנות ברוסיה ופקידים דיפלומטיים ישראלים, כמו הנשיא יצחק הרצוג, החליטו למצוא פתרון על ידי דיבור עם הרשויות. הרצוג שוחח עם הנשיא ולדימיר פוטין בנושא, ומקורות המקורבים לנשיא אמרו כי הם אופטימיים לגבי המצב. כאמור, לפני חודש נדחה הדיון על סגירת המשרד הרוסי של הסוכנות, כאשר בית המשפט בסמאני במוסקבה קבע כי היום צפוי להתחדש הדיון.