אמש הושחת המרכז היהודי העולמי בירוואן בארמניה כתגובה להתחזקות היחסים ותמיכת ישראל באזרבג'אן. כזכור בימים אלו מתנהל מאבק בחבל נגורנו קרבאך חבל ארץ בהרי הקווקז אשר באופן היסטורי אוכלס על ידי ארמנים אתניים בני הדת הנוצרית. בחבל מתנהל סכסוך בין האזרים לארמנים על הריבונות בו.
לאור התחזקות היחסים בין ישראל לאזרבג'אן, תומכי המשטר הבדלני הארמני בגורנו קרבאך הציתו לכאורה את המרכז היהודי העולמי בירוואן בארמניה. במקביל להשחטה הארגון יצא בהצהרה: "היהודים הם אויבי האומה הארמנית, השותפים לפשעים הטורקים ומשטרו של אלייב העקוב מדם נגד הרפובליקה של ארמניה וארטסח, שותפים לגירוש הכוחני של יותר מ-100 אלף אנשים מארצות האבות הארמניות. המדינה היהודית מספקת נשק למשטרו של אלייב הפושע, יהודי אמריקה ואירופה תומכים בו באופן פעיל. טורקיה, משטרו של אלייב והיהודים הם אויביהם המושבעים של המדינה הארמנית והעם הארמני.
במכתבם העבירו איום ישיר כלפי חיי הקהילות היהודיות: "אם רבנים יהודים בארה"ב ובאירופה ימשיכו לתמוך במשטרו של אלייב, נמשיך לשרוף את בתי הכנסת שלהם במדינות אחרות. כל רב יהיה על הכוונת שלנו. אף יהודי ישראלי לא ירגיש בטוח להגיע למדינות אלו".
נשיא ועידת רבני אירופה, הרב פנחס גולדשמידט הגיב למקרה ההשחתה "מקרה ההשחתה של המרכז היהודי בארמניה מדאיגה. הקהילה היהודית בארמניה אינה צד בסכסוך בחבל נגורנו- קראבח. אני קורא לנשיא והאגן חאצ'טוריאן לגנות את המעשה הנתעב. על הממשלה הארמנית לתגבר את האבטחה סביב הקהילה היהודית ולמצות את הדין עם האחראים למעשה אנטישמי זה. אני מחזק את ידיה של הקהילה היהודית בארמניה ומתפלל שהיא תמשיך לחגוג את חג הסוכות ותמשיך את פעילותה הענפה:ץ
הרב זמיר איסייב רבה של הקהילה הספרדית גיאורגית באזרבייג׳ן אמר בתגובה: ״הזהרתי לפני שבועות אחדים כי שהייה בארמניה מסוכנת ליהודים. לא רק אני הזהרתי – גם משרד התפוצות בישראל פעמיים ציין במיוחד רק בחודש האחרון שיש סבירות לפעולת כנגד היהודים בגלל היחסים הקרובים עם אזרבייג'ן. החזרת קרבאך לשליטת אזרבייג'ן ופירוק הרפובליקה המקומית הציתה אש השנאה כנגד היהודים בטענה מופרכת של האחראיות ישראלית לנעשה באזור. צר לי שהדברים אכן מתממשים. אבל זה היה צפוי כי שיח שנאה תמיד הופך למעשים אלימים. חילול בית כנסת בכל מקום בעולם הוא פשע חמור ואין לקבל בשום פנים ואופן מעשה ברברי שכזה בלי תגובה הולמת. אסור להיכנע לאיומים ואנו דוחים בשאט נפש כל איום שכזה לפגוע בקדשי ישראל״.