לשכת ראש הממשלה התוניסאי הודיעה רשמית הערב (ראשון), כי על פי החקירה שמנהלים גורמי הביטחון במדינה, ההתנקשות בחייו של מהנדס התעופה מוחמד א-זווארי בוצעה על ידי ״גורמים זרים״. בהודעה נאמר, כי ״תוניסיה תגן על אזרחיה, ותפעל לבוא חשבון עם המעורבים בהתנקשות בתוך המדינה ומחוצה לה, בכל הדרכים החוקיות ועל פי החוק הבינלאומי״.
בהודעה נאמר עוד, כי משרד החוץ יפרסם את תוצאות החקירה בזמן המתאים, בלי לפגוע בסודיות החקירה.
א-זווארי נמצא ביום שישי ירוי וללא רוח חיים במכוניתו בעיר ספקס שבדרום המדינה. בלוגר מקומי וכמה כלי תקשורת בתוניסיה מיהרו לקבוע כי הוא חוסל בידי המוסד. אך ככל שעבר הזמן, מתרבים הסימנים שמעידים כי מדובר בחיסול לא מקצועי, שאינו עומד באפיונים של התנקשות קודמות המיוחסות לישראל.
א-זווארי עזב את תוניסיה לפי הדיווחים ב-1991, בעקבות זיהויו עם תנועת האחים המוסלמים. הוא הגיע לדמשק, והיה ככל הנראה מקורב למפקדת החמאס ששהתה באותו זמן בסוריה. חמאס אישר הערב כי א-זווארי היה חבר בארגון. לאחר המהפכה במולדתו, הוא שב אליה ב-2011 ועסק בעיקר בהדרכה להטסת טיסנים וכלי טיס זעירים ללא טייס. פעילות זאת, למרות שחמאס עושה בה שימוש, לא נחשבת מסוכנת במיוחד לישראל.
שלטונות תוניסיה פתחו בחקירה, עצרו כמה אזרחים זרים, מצאו כלי נשק, ביניהם אקדחים עם משתיקי קול, וכן מכוניות שכורות. הם גם טענו כי לפחות חשוד אחד הצליח להימלט מהמדינה. עם זאת, טוניסיה החליטה להטיל את מלאכת החקירה על יחידת משטרה המטפלת בעניינים פליליים ולא ביחידה ללוחמה בטרור – דבר שמעיד גם הוא שאפשר כי המניע הוא פלילי-אישי ולא פוליטי.