מאמר בעיתון השוויצרי באסלר צייטונג (Basler Zeitung) דיווח כי חלק מ-60 מיליוני הדולרים שממשלת המדינה משקיעה בפרויקטים במזרח התיכון מממנים גם יוזמות שקוראות להרס ישראל ולרצח יהודים. "שווייץ מממנת בדרכים שונות ארגונים בישראל וברשות הפלסטינית שקוראים להשמדת ישראל ולמוות יהודים", כתב דומיניק פיוסי, עורך בכיר בעיתון.
לפי הדיווח, מאז 2013 הממשלה השוויצרית תיעלה כמעט 700 אלף דולרים לארגון זכויות אדם ברמאללה שתיפקד כארגון קש, זאת כדי להתחמק מקבלת ביקורת ממדינות מערביות. הארגון ממומן על ידי שוויץ, דנמרק, הולנד ושוודיה, ומטרתו להסתיר עבודה אנטישמית של ארגונים לא ממשלתיים נוספים. ארגון נוסף הנתמך על ידי ממשלת שווייץ הוא מרכז באדיל עבור תושבות פלסטינית וזכויות פליטים, התומך בחרם נגד ישראל, דבר שסותר את התמיכה של שווייץ בפתרון שתי המדינות.
ארגונים נוספים שהוזכרו בדיווח כמקבלי הכספים השוויצרים הם המרכז הפלסטיני לזכויות אדם, שבאופן עקבי קורא למאסרם של פוליטיקאים ישראלים ומשווה את הנעשה בישראל לאפרטהייד, ואל חאק, מרכז סיוע משפטי המבוסס ברמאללה שמקדם יוזמות משפטיות נגד ישראל.
בעקבות הדיווח הגיעה ביקורת מצד הארגון הירושלמי NGO מוניטור, שקרא לרפורמה בהוצאות הציבוריות של ממשלת שווייץ. "הפיקוח הפרלמנטרי על ממשלת שווייץ וחקירתה עקב מימון הארגונים מתנגדי השלום האלו היא חשובה מאוד", אמרה אולגה דויטש, מנהלת הדסק האירופאי של NGO מוניטור. "ארצות אחרות עושות את אותו דבר וממשלת שווייץ תוכל להוות דוגמה לכולן (אם יבוצעו בה הרפורמות). ברור שהמצב בו מיליוני הפרנקים השוויצרים הולכים לארגונים חוץ ממשלתיים, בינהם קבוצות שנאה שהכספים מיגעים אליהן באופן חשאי, לא יכול להמשיך.
במשך זמן ממושך התמודדה שווייץ עם ביקורת על סירובה להכיר בחיזבאללה ובחמאס כארגוני טרור. בדצמבר, היא השתתפה וסייעה למממן כנס בן יומיים בז'נבה בהשתתפות החמאס.