האם פרשת שחיתות גרמה לאסון של הצוללת סן חואן? מסמכים שפורסמו בתקשורת הארגנטינאית מעלים את החשד כי הפיצוץ שהתרחש בצוללת, שעליה היו 44 אנשי צוות, נגרם בשל סוללות בלתי מתאימות או פגומות שהותקנו עליה במהלך שיפוצים. היומון "לה נסיון" חשף מסמכים מחקירה פנימית שערכו מומחי ביטחון עבור משרד ההגנה הארגנטינאי במהלך 2015־2016 סביב שיפוצי "אמצע החיים", שנערכו בצוללת בשנים 2008 עד 2014, לצורך שדרוגה והארכת משך חייה המבצעיים. מהמסמכים עולה לכאורה כי קצינים בחיל הים "הפרו נוהלים רגולטוריים ומבצעיים בהחלפת הסוללות" כאשר ביקשו לרכוש סוללות כדי שספקי ציוד מסוימים ירוויחו.
"המידע שנאסף מראה לפחות באופן חד־ משמעי שלא רק שהחוזים האלה לא תאמו את ההליך המנהלתי המוסדר, אלא שגם אנשי הצבא שהיו אחראים עליהם היו מעורבים בהתנהלות בלתי חוקית שנתנה יתרון לשתי החברות (הגרמניות) שזכו במכרז", נאמר בדוח של משרד ההגנה, שגם מצא חוסר התאמות בחשבוניות שצורפו לציוד.
גם משרד מבקר המדינה בארגנטינה בחן בשנה שעברה את התהליכים סביב שיפוץ הצוללת ומצא שהיו "סטיות בתוכניות של הציוד והתקציב" עם עיכובים של עד ארבע שנים בביצוע, וכי בשל כך הסוללות שהותקנו בצוללת כבר לא היו בטוחות וגם היה חשש לבטיחותם של מנועי הצוללת.
עוד התברר כי כבר בשנת 2010 פנה חבר הפרלמנט מיגל גיוברגיה לממשלתה של הנשיאה דאז כריסטינה קירשנר בדרישה לקבל פרטים על העסקה בין חיל הים לבין חברת הוקר הגרמנית על תיקון הסוללות של הסן חואן. הוא העלה את החשד כי שתי החברות הגרמניות - הוקר ופרוסטאל - שילמו שוחד לבכירים ארגנטינאים ותהה על מעורבותה של שרת ההגנה באותה תקופה נילדה גארה.
במקביל, קצין בכיר לשעבר בחיל הים, חוזה אוסקר גומז, טען כי הוא הודח משורות הצי בשנת 2010 לאחר שהתלונן על חוסר סדרים בשיפוצים של הצוללת, כאשר בין השאר טען כי אף שחברות קיבלו את החוזים לשיפוץ הצוללת, בפועל נעשו העבודות על ידי המלחים עצמם.
בתלונה שהגיש לבית המשפט הוא מאשים את מפקד חיל הים לשעבר חורחה גודוי וקצינים נוספים בעבירות של מרמה וניצול לרעה של כספי ציבור. "גיניתי את השחיתות במספנות דומק גרסיה וטנדנור, ואז העבירו אותי דרומה", סיפר גומז, ששירת בחיל הים במשך 27 שנה, בשיחה עם "הלה נסיון". "ואז התחילו לרדוף אותי, זה היה איום ונורא. בשנת 2010 הדיחו אותי".
בתוך כך, בעוד נמשכים החיפושים אחר הצוללת ו־44 אנשי הצוות שאבדו באוקיינוס האטלנטי לפני 12 יום, נערך הנשיא מאוריציו מאקרי לזעזע את צמרת הצבא, אף שבתקשורת ציינו כי זהו במהלך שאותו רוקם הנשיא כבר כמה חודשים. לפי הפרסומים, הנשיא ידיח את ראשי זרועות הצבא, כולל מפקד חיל הים, אדמירל מרסלו אדוארדו היפוליטו סרור, ויעניק יותר סמכויות לרמטכ"ל בארי דל ואלה סוסה, שיישאר בתפקידו.