השוואה מפתיעה: ראש הסגל בבית הלבן השווה בראיון ששודר הבוקר (שישי) בתחנת הרדיו NPR בין חקירת פרשת המעורבות הרוסית בבחירות לנשיאות, לחקירותיו של ראש הממשלה בנימין נתניהו בפרשות השונות. הוא נשאל על החקירה, שלדברי המראיין "מרחפת כענן שחור מעל הבית הלבן" והשיב: "לא יודע באיזה ענן מדובר, אבל יכול להגיד בוודאות שהנשיא מובך מכך".
הוא הסביר כי "כשמנהיג בינלאומי מגיע, זה כמו שאתה יודע שבנימין נתניהו מגיע, וגם הוא נמצא תחת חקירות, אתה יודע שתחילת השיחה יכולה לעסוק בנושא הזה". קלי נתבקש להתייחס להתבטאותו של הנשיא, שכינה את החקירה בפרשת "רוסיה-גייט" כ"ציד מכשפות". הוא אמר: "בהקשר לנשיא שלנו, אני יכול להגיד שהעובדה שהחקירה נמשכת כל כך הרבה זמן, מעידה על כך שאין כלום בנושא".
ראש הסגל הדגיש כי מעולם לא חשב על התפטרות מהתפקיד. "אני מסכים עם עמדותיו של הנשיא בנושאים רבים", ציין, "יש לנו יחסים קרובים וטובים, ואנחנו עובדים ביחד כשמונה שעות מדי יום". הוא הסביר: "אני מביע את דעתי על כל הנושאים וטראמפ תמיד מקשיב, לפעמים הוא מקבל את דעתי". קלי ציין כי הוא "תומך בהחלטת טראמפ לפרוש מהסכם הגרעין עם איראן" והוסיף כי "עיניו של הנשיא פקוחות גם בנושא קוריאה הצפונית".
לדברי קלי, החרטה היחידה שלו בנושא מילוי תפקיד ראש הסגל, היא העובדה שלא הגיע לשם מוקדם יותר. "בדיעבד, הלוואי שהייתי מגיע לכאן כבר ביום הראשון", הסביר, "במספר מקרים במהלך חצי השנה הראשונה לממשל, התקבלו לעבודה מספר אנשים שעדיף היה אם לא היו מתקבלים, המצב היה די כאוטי אז". הוא הוסיף: "יש רגעים של תסכול גדול, בעיקר בגלל הסיפורים שקראתי על עצמי או על אחרי". קלי סיכם את דבריו ואמר כי הוא חושבת שהנשיא הוא "בחור חכם מאוד - הוא חזק במונחים של מסחר, סחר, מסים, עסקים ולומד מהר את יתר הנושאים".
בתחילת החודש דווח כי קלי כינה את הנשיא "אידיוט" מספר פעמים, ובחודש ינואר דווח כי ימיו בתפקיד קצובים. עם זאת, מהבית הלבן נמסר אז כי "מדובר בדיווח שקרי לגמרי".