משפחתו של טוטו מסרה הבוקר כי הוא מת בשלווה בבית האבות הסיעודי בקייפטאון אחרי שסבל ממחלת הסרטן במשך יותר מעשרים שנה. "דרום אפריקה והעולם איבדו את אחד ההורים והמודל לחיקוי הגדולים ביותר שלהם", נאמר בהודעה. "הארכיבישוף היה חדור באופן חריג בתחושת חובה לשרת את האינטרסים הטובים ביותר של בני המין שלו - המשפחה האנושית - ושל כוכב הלכת. לעשות את הדבר הנכון. לגרום לאנשים להרגיש חלק. לקדם צדק, אנושיות, שלום ושמחה".
נשיא דרום אפריקה, סיריל רמפוזה, אמר כי "הליכתו של הארכיבישוף היא עוד פרק של שכול בפרידה של האומה שלנו מדור של דרום אפריקאים יוצאים מן הכלל שהורישו לנו דרום אפריקה משוחררת". "דזמונד טוטו היה פטריוט שאין דומה לו, מנהיג של עיקרון ופרגמטיות שהעניק משמעות להכרה הדתית שאמונה מתה ללא עבודה", הוסיף.
בקרן לזכרו של הנשיא לשעבר, נלסון מנדלה, ספדו לטוטו וציינו כי הוא "היה גדול מהחיים, ועבור רבים בדרום אפריקה ובעולם חייו היו ברכה". "התרומות שלנו למאבק נגד חוסר צדק, מבית וברחבי העולם, שוות רק לעומק של חשיבתו לגבי עתיד חופשי לחברות האנושיות", נאמר בהודעה. "הוא היה אדם יוצא מן הכלל, איש מחשבה, מנהיג, רועה".
טוטו, שנולד בעיר קלרקסדורפ, הלך בדרכו של אביו והפך למורה אחרי שוויתר על חלומו להיות רופא מאחר שמשפחתו לא הייתה יכולה לממן את לימודיו. אולם אחרי שלוש שנים של הוראה בתיכון, הוא החל ללמוד תיאולוגיה ובשנת 1961 הוסמך לכמורה בכנסייה האנגליקנית.
הוא המשיך בלימודי התיאולוגיה בלונדון לפני ששב למולדתו ב-1967 ושימש הכומר של אוניברסיטת פורט הארה. בהמשך הוא שוב שהה שלוש שנים באנגליה, ואחרי חזרתו מונה לדיקן של קתדרלת סנט מארי ביוהנסבורג, השחור הראשון בתפקיד, וכעבור שנה מונה לבישוף של לסוטו. בשנת 1978, הוא הפך לשחור הראשון שמשמש מזכ"ל מועצת הכנסיות בדרום אפריקה.
טוטו הפך לאחד הקולות הבולטים נגד האפרטהייד אחרי המהומות הגזעיות בסווטו שבפאתי יוהנסבורג ב-1976. הוא קרא להטלת סנקציות כלכליות בינלאומיות על המשטר והתנגד להידברות עם השלטון הגזעני, אותו השווה לנאציזם. עם זאת, הוא גם הביע התנגדות לשימוש באלימות מצד מתנגדי האפרטהייד. בשל עמדותיו, השלטון ביטל פעמיים את הוויזה שלו ואף עצר אותו לזמן קצר אחרי הפגנה ב-1980, אולם נמנע מפגיעה חמורה באיש הדת בשל מעמדו הבינלאומי, ובמיוחד בשל זכייתו בפרס נובל לשלום בשנת 1984.
לאחר סיום משטר האפרטהייד ב-1994 ובחירתו של נלסון מנדלה לנשיא השחור הראשון, מונה טוטו לעמוד בראש ועדת האמת והפיוס שחקרה את הפשעים על ידי לבנים ושחורים במהלך תקופת האפרטהייד והעניקה חנינות ופיצויים וזכה לשבחים על תפקודו כמי שסייע להוביל את המדינה לעידן החדש. הוא גם המציא את הביטוי "אומת הקשת בענן" שמסמלת את דרום אפריקה אחרי האפרטהייד.
טוטו, שפרש מתפקיד האפרטהייד של קייפטאון ב-1996, מתח ביקורת על מנהיגי דרום אפריקה, במיוחד את יורשיו של מנדלה, תאבו מבקי וג'ייקוב זומה, ולא פעם האשים אותם בשחיתות ובאי מימוש ההבטחות לקדם את האוכלוסייה השחורה החלשה. בשנת 2013, הוא אף הצהיר כי הוא לא יכול להצביע יותר למפלגת הקונגרס האפריקאי הלאומי. "הקונגס היה טוב כשהוביל אותו במאבק להיות חופשיים מדיכוי", אמר. "אבל לא נראה לי שיחידה למאבק לחופש יכולה להשתנות בקלות ולהפוך למפלגה פוליטית".
טוטו גם היה חבר בפורום "הזקנים", מנהיגים בכירים לשעבר שניסו לפתור סכסוכים באמצעות הידברות. הוא הביע את תמיכתו במאבק הפלסטיני בישראל, כולל במהלך ביקור שקיים בישראל ובגדה המערבית ב-1989, והאשים כי היחס של ישראל לאוכלוסייה הפלסטינית מזכיר לו את התנהלות משטר האפרטהייד וקרא לחרם כולל נגד ישראל.
הרב הראשי של יהודי דרום אפריקה, הרב ד"ר וורן גולדשטיין, ספד לחתן פרס נובל לשלום, הארכיבישוף דזמונד טוטו, שהלך היום לעולמו בגיל 90. "הארכיבישוף טוטו הראה לעולם את כוחו של אומץ מוסרי הנובע מאמונה באל. כפי שאומר ספר דברים: "לֹֽא־תַכִּ֨ירוּ פָנִ֜ים בַּמִּשְׁפָּ֗ט... לֹ֤א תָג֙וּרוּ֙ מִפְּנֵי־אִ֔ישׁ כִּ֥י הַמִּשְׁפָּ֖ט לֵאלֹהִ֣ים ה֑וּא". הארכיבישוף טוטו חי את הפסוק הזה", אמר הרב גולדשטיין.
"טוטו לא הפגין פחד למול הכוח, עמד למול משטר האפרטהייד ונענה לסמכות גבוהה יותר", הוסיף. "אמונתו עוררה אצלו גם השראה להגן על זכויות וכבוד האדם כפי שמלמד ספר בראשית, שהאנושות נבראה "בְּצֶ֥לֶם אֱלֹהִ֖ים". בחייו לפי העקרונות התנ"כיים הללו הוא תרם תרומה חיונית ליצירת דרום אפריקה חדשה".